Endoskopi av tjocktarmen, dvs. kolonoskopi, är den viktigaste undersökningen vid misstanke om en inflammatorisk tarmsjukdom. Vid endoskopi undersöks änd- och tjocktarmen och slutdelen av tunntarmen och vävnadsprover tas från tarmens yta. Endoskopi av tjocktarmen behövs också under sjukdomens uppföljning för att utreda terapisvaret och senare, oavsett symtom, regelbundet för att hitta cellförändringar som förutsäger cancer.
Vid endoskopi av magsäcken, gastroskopi, undersöks matstrupen, magsäcken samt tunntarmens övre del och vävnadsprover tas. Vid Crohns sjukdom bör oftast denna region undersökas för att utreda sjukdomens omfattning.
Kapselkameraundersökning av tunntarmen används vid Crohns sjukdom när man vill undersöka hela tunntarmen. I undersökningen kan man inte ta vävnadsprover från tarmens yta. Den passar inte heller patienter som har förträngningar eller avsmalningar i tarmen, eftersom kapseln kan fastna på trånga ställen.
Vid endoskopi av tunntarmen, dvs. enteroskopi, går man betydligt längre in i tunntarmen än vid gastroskopi eller kolonoskopi. I samband med undersökningen kan man ta vävnadsprover.