Endoskopi av tjocktarmen, det vill säga kolonoskopi är den viktigaste undersökningen vid misstanke om inflammatorisk tarmsjukdom, men det behövs även laboratorieundersökningar. Ur blodprov undersöks vanligen blodstatus, inflammationsvärden (sänka och CRP) samt njur- och levervärden. Innan diagnosen kan fastställas, måste man kunna utesluta bland annat tarminflammation som orsakas av bakterier. Ur avföringsprov kan man utöver bakterieprover även undersöka kalprotektin vars mängd i avföringen stiger vid olika tarminflammationer.
Vid misstanke om Crohns sjukdom kan det även behövas endoskopi av magsäcken, det vill säga gastroskopi, magnet- eller datortomografi eller en kapselkameraundersökning av tunntarmen.