Man har letat efter orsakerna till att IBD blivit vanligare bland annat i kosten, användningen av antibiotika och hygiennivån. Dessutom har man tittat på om få kontakter med naturliga mikrober i den tidiga barndomen kan vara en orsak (den s.k. hygienhypotesen).
Ingen enskild näringsfaktor har hittills visat sig vara betydande vid regleringen av sjukdomens aktivitet, även om patienterna kan koppla de förvärrade symtomen till exempelvis ett stort intag av socker eller mjölkprodukter. Personer med en inflammatorisk tarmsjukdom har visat sig ha låga D-vitaminnivåer, men man vet inte säkert om de är en orsak till sjukdomen eller en följd av den.
Rökare löper större risk att få Crohns sjukdom än de som inte röker.
Psykiska faktorer har inte visat sig orsaka sjukdomen, men stress ökar symtomen från sjukdomen.