Rökning har konstaterats öka risken för återfall av Crohns sjukdom, försvåra sjukdomsförloppet, öka risken för operation och fördröja återhämtningen efter operationen. Enligt undersökningar försvagar rökningen också till exempel biologiska läkemedels effekt.
De som insjuknat i Crohns sjukdom borde sluta röka eftersom det förbättrar sjukdomsförloppet. Efter att man slutat röka är faran för återfall och risken för att hamna på operation lika stora som för de som inte röker.
Man strävar efter att aktivt stöda de som insjuknat i Crohns sjukdom att sluta röka. Som stöd för att sluta röka skriver läkaren ut ett recept på avvänjningsläkemedel. På många hälsocentraler finns det grupper för tobaksavvänjning, där man får stöd för att sluta röka.