Man strävar efter att spara tunntarmen eftersom den är en viktig faktor i upptagningen av näringsämnen. I operationen förkortas tarmen vid delen där förträngningen är. Korta förträngningar kan behandlas med strikturplastik där man vid den trånga delen av tarmen skär på längden och suturerar på tvären. På så sätt uppkommer det en liten påse i tarmen. Om man har avlägsnat mycket av tunntarmen i synnerhet i slutändan, kan det uppkomma störningar vid upptagningen av fetter, gallsyror och B12-vitamin.
Om sjukdomen är i början av tjocktarmen, avlägsnas den delen. Ifall sjukdomen är på ett större område kan avlägsnande av hela tjocktarmen eller tjock- och ändtarmen komma i fråga. I sådana fall utförs en permanent tunntarmsstomi. Ibland kan en stomi som gjorts för att hämma en inflammation eller som akut operation, vara tillfällig. För patienter som insjuknat i Crohns sjukdom konstrueras inte bäckenreservoarer (J-påsar) eftersom cirka hälften av påsarna måste avlägsnas i ett senare skede.
Inom ett halvt år efter tarmoperationen lönar det sig att med hjälp av endoskopi kontrollera operationssåret, eftersom sjukdomen har en tendens att förnyas just vid operationssåret.
Fistlar kan uppkomma från tarmen på huden vid magen eller skinkan, på en annan del av tarmen eller på något inre organ. Den kirurgiska behandlingen av fisteln beror alltid på dess placering och dess storlek. En böld, det vill säga abcess uppkommer vanligen i samband med en fistel och den töms eller avlägsnas kirurgiskt.