Läkemedelsbehandlingen botar inte men den lugnar inflammationen på slemhinnorna och minskar symtomen. Oftast behövs långvarig underhållsbehandling. Efter att inflammationen lugnat sig med hjälp av underhållsbehandlingen, strävar man efter att uppnå så långa symtomfria faser som möjligt. Genom att regelbundet ta läkemedlen kan man undvika skov som hör till sjukdomsförloppet. Under skov bör medicineringen effektiveras.
För att hitta rätt läkemedelsbehandling kan det hända att man måste prova olika läkemedelsalternativ. Behandlande läkare och skötare ger handledning om läkemedelsbehandlingen. Läkemedelsbehandlingens effekt utvärderas genom att man följer upp mängden symtom och/eller med laboratorieprover, endoskopier eller andra bilddiagnostiska undersökningar.
Man ansöker om specialersättning för läkemedel med ett B-utlåtande av en läkare.