Vid avföringsinkontinens läcker löst eller hårt tarminnehåll, eller i lindrigaste fall bara tarmgas, oavsiktligt ut från ändtarmsöppningen. Ofrivillig tarmtömning innebär att man får avföring i underkläderna utan att man har några andra inkontinenssymtom. Ändtarmen, alltså de sista 15 centimeterna av tjocktarmen, är specialiserad på att fungera som lager åt avföringen före tarmtömningen. Om ändtarmsväggen är skadad på grund av en infektion, strålbehandling eller operation kan man behöva tömma tarmen så plötsligt att avföringen kommer ut innan man hinner till toaletten.
Bäckenbottenmusklerna bär upp och stödjer ändtarmen och fungerar som hjälp åt de ordinarie slutmusklerna. Då bäckenbottenmusklerna töjs ut leder det till framfallsförändringar, och ett symtom på det är avföringsinkontinens. I extrema fall börjar ändtarmen tryckas ut ur ändtarmsöppningen.
En dålig slutmuskelfunktion kan vara en orsak till avföringsinkontinens. En avvikelse i den icke-viljestyrda inre slutmuskeln leder normalt sett till oavsiktlig gas- eller avföringsinkontinens, och en skada på den viljestyrda yttre slutmuskeln till otillräcklig kontinens när man behöver tömma tarmen.