Tulehduksellisen suolistosairauden pahenemisvaiheen oireet ovat useimmiten samoja kuin sairastumisen oireet. Oireisiin vaikuttaa taudin sijainti suolistossa ja tulehduksen vaikeusaste. Pahenemisvaiheita saattaa tulla viikkojen, kuukausien tai vuosienkin välein. Pahenemisvaiheet ovat nuorten keskuudessa yleisimpiä. Crohnin taudissa tupakointi kaksinkertaistaa sairauden uusiutumisen riskin.

​Tulehduksellisen suolistosairauden hoitoa tulee tehostaa nopeasti pahenemisvaiheen aikana.

• Hoitajalta tai lääkäriltä pitää saada selkeät ohjeet, milloin ja mihin otetaan yhteyttä, kun oireet ovat lisääntyneet ja epäillään pahenemisvaihetta.
• Mikäli lääkäri on antanut ohjeet lääkitysmuutoksista pahenemisvaiheessa, voidaan toimia saatujen ohjeiden mukaan. Oireiden jatkuessa on otettava yhteyttä hoitavaan yksikköön.
• Ennen kuin lääkehoitoa muutetaan, tulee useimmiten varmistaa laboratoriotutkimuksilla, tähystämällä tai kuvantamalla, että suolioireet liittyvät suolitaudin aktiivisuuteen. Ulosteen kalprotektiinia voidaan käyttää tulehduksellisen suolistosairauden aktiivisuuden mittarina. Usein on myös tarpeen ottaa ulosteen bakteeriviljelyitä.
• Jos on vaikeita oireita, on hakeuduttava päivystykseen.