Perintötekijöillä tiedetään olevan vaikutusta sairastumiseen. Tulehduksellisia suolistosairauksia sairastavista 5–20 prosentilla on suvussa joko Crohnin tautia tai haavaista paksusuolen tulehdusta. Tulehduksellista suolistosairautta sairastavan henkilön ensimmäisen asteen sukulaisilla on noin 10–15-kertainen riski sairastua. Riski on jonkin verran korkeampi Crohnin taudissa kuin haavaisessa paksusuolentulehduksessa. Jos toisella vanhemmista on tulehduksellinen suolistosairaus, on lapsen riski sairastua 10–20 prosenttia, ja jos molemmilla vanhemmilla on tulehduksellinen suolistosairaus, on lapsen sairastumisriski 30–50 prosenttia.

Tulehdukselliset suolistosairaudet ovat yleisempiä länsimaissa kuin kehittyvissä maissa. Viime vuosina tulehduksellisiin suolistosairauksiin sairastuvien määrä on lisääntynyt voimakkaasti myös kehittyvissä maissa. Syitä on etsitty muun muassa ruokavaliosta, antibioottien käytöstä sekä hygieniatasosta. Syyksi suolistosairauksien lisääntymiseen on myös esitetty luonnollisten mikrobikontaktien vähäisyyttä varhaislapsuudessa (ns. hygieniahypoteesi).

Mikään yksittäinen ravintotekijä ei toistaiseksi ole osoittautunut merkitykselliseksi taudin aktiivisuuden säätelyssä, vaikka potilaat saattavat yhdistää oireiden pahenemisen esimerkiksi runsaaseen sokerin tai maitotuotteiden nauttimiseen. Tulehduksellisia suolistosairauksia sairastavilla on todettu matalia D-vitamiinitasoja, mutta ei tiedetä varmuudella, ovatko matalat D-vitamiinipitoisuudet sairauden syy vai seuraus.

Tupakoitsijoilla on suurempi riski sairastua Crohnin tautiin kuin tupakoimattomilla. Tupakoinnin vaikutuksista lisätietoa osiossa Tupakointi.

Psyykkisten tekijöiden ei ole todettu aiheuttavan sairautta, mutta stressi lisää oireita.