Fistelin suuaukon näkeminen riittää yleensä varmistamaan diagnoosin, mutta käytävän kulkureitin selvittämiseksi saatetaan tarvita magneettikuvausta tai peräaukon sisäistä ultraäänitutkimusta.
Leikkaustapa riippuu fistelin kulusta. Fistelikäytävä tai -käytävät kulkevat yleensä rengasmaisen sulkijalihaksen läpi, joten niiden hoidossa on huomioitava riski pidätyskyvyn heikkenemisestä.
Alhaalla, lähellä peräaukkoa kulkeva fistelikäytävä voidaan avata kokonaan, ja se paranee yleensä hyvin. Sulkijalihasta joudutaan halkaisemaan niin vähän, ettei pidätyskyky ole uhattuna.
Mitä ylempää fistelikäytävä läpäisee sulkijalihaksen, sitä suurempi on riski pidätyskyvyn heikentymiselle toimenpiteen yhteydessä, jos käytävä avataan kokonaan. Tämän vuoksi on kehitetty suuri määrä erilaisia sulkijalihasta säästäviä leikkausmenetelmiä. Menetelmien ongelmana on, että fistelin paranemisen todennäköisyys on huomattavasti pienempi kuin fistelin aukaisun yhteydessä.
Sulkijalihasta säästävien leikkausten yhteydessä fistelikäytävään laitetaan ensin lanka, jonka tarkoituksena on pitää käytävä auki ja välttää paiseonteloiden muodostuminen. Fistelin sulkuleikkaus tehdään vasta viikkojen tai kuukausien lankahoidon jälkeen. Tällä pyritään siihen, että tulehdus ei huonontaisi sulkuleikkauksen tulosta.
Liukuläppäleikkauksessa peräaukon sisäpuolelta suljetaan sulkijalihaksen läpi menevän käytävän sisäaukko ja peitetään se suolen sisällä muodostetulla kudosläpällä.
LIFT-leikkauksessa fistelikäytävä katkaistaan sisemmän ja ulomman sulkijalihaksen välissä ja päät ommellaan kiinni.
Fistelitulppa-leikkauksessa ja Permacol-pastaleikkauksessa fistelikäytävän sisäsuu suljetaan ompeleella ja käytävä täytetään.
Laser-fistelitoimenpiteessä fistelikäytävän seinämät käsitellään laserilla.
Yhteistä näille toimenpiteille on, että niiden onnistumistodennäköisyys on 40–70 prosenttia.
Vähäoireisen fistelin hoidolla ei ole aina kiire, mutta fistelin lopullinen paraneminen itsestään on harvinaista. Ulkosuun sulkeutuessa voi syntyä uusi paise, minkä vuoksi fisteliin voidaan jättää pysyvästi lanka pitämään yhteys iholle auki. Tällöin tulehduserite pääsee purkautumaan iholle, ja lopullisen hoidon ajankohdan voi valita vapaammin.
Crohnin tautiin liittyviä anaalifisteleitä hoidetaan ensisijaisesti lääkehoidolla ja tarvittaessa kertymiä iholle avaamalla.