Sieninäytteitä voidaan ottaa pinnallisesti iholta, kynnestä, karvoista ja korvasta. Syvä sieninäytetutkimus voidaan tehdä kudospaloista, kehonnesteistä, märkä- ja eritenäytteistä sekä keuhkonäytteistä.
Sieninäytetutkimusta käytetään sieni-infektioiden toteamisessa tai joissakin tapauksissa täydentämään bakteeriviljelytutkimusta. Sieninäytteet viljellään kasvatusalustoille niiden tunnistamiseksi ja taudinaiheuttajan löytämiseksi.
Syvämärkänäytteet otetaan esimerkiksi märkäpaiseista, leikkaushaavasta, kroonistuneesta haavainfektiosta tai muusta syvästä haavasta. Pintamärkänäytteet voidaan ottaa pinnallisista iho- ja silmäinfektioista sekä välikorvasta. Märkänäytteille tehdään bakteeriviljely ja herkkyysmääritys mikrobiologian laboratoriossa taudinaiheuttajan määrittämiseksi ja sopivan antibiootin löytämiseksi.