Sieninäytteitä voidaan ottaa pinnallisesti iholta, kynnestä, karvoista ja korvasta. Syvä sieninäytetutkimus tehdään kudospaloista, kehonnesteistä, märkä- ja eritenäytteistä, keuhkonäytteistä ja syvistä silmänäytteistä.
Sieninäytetutkimusta käytetään sieni-infektioiden toteamisessa tai joissakin tapauksissa täydentämään bakteeriviljelytutkimusta. Sieninäytteet viljellään kasvatusalustoille niiden tunnistamiseksi ja taudinaiheuttajan löytämiseksi.
Syvämärkänäytteet otetaan esimerkiksi märkäpaiseista, leikkaushaavasta, kroonistuneesta haavainfektiosta tai muusta syvästä haavasta. Pintamärkänäytteet voidaan ottaa pinnallisista iho- tai silmäinfektioista tai välikorvasta.
Märkänäytteille tehdään bakteeriviljely ja herkkyysmääritys mikrobiologian laboratoriossa taudinaiheuttajan identifioimiseksi ja sopivan antibiootin löytämiseksi.