Toimenpiteen tekee rytmikardiologi tätä tarkoitusta varten rakennetussa sydäntutkimuslaboratoriossa. Toimenpide tehdään tarvittaessa nukutuksessa.
Nivustaipeen iho puudutetaan ja reisilaskimoon asetetaan ns. sisäänviejät, joiden kautta pehmeät ja taipuisat tutkimuskatetrit ja hoitokatetri ohjataan sydämen sisään röntgenläpivalaisun avulla. Reisilaskimon lisäksi punktoidaan reisivaltimo.
Mikäli rytmihäiriöalue on vasemmassa kammiossa, hoitokatetri viedään sinne eteisväliseinän läpi (ns. transseptaalipunktio) tai valtimoteitse. Joissakin tapauksissa joudutaan antamaan hoitoja myös sydämen ulkopinnalle sydänpussin kautta.
Rytmihäiriön esille saamiseksi sydäntä tahdistetaan tutkimuskatetrien avulla. Samalla sydänfilmiä rekisteröidään sydämen sisältä. Tätä tutkimusvaihetta kutsutaan elektrofysiologiseksi tutkimukseksi. Hoitokohdan selvittämisessä käytetään erikoisvälineitä (CARTO®), jolla voidaan paikantaa ja hoitaa laajat arpialueet myös normaalin rytmin aikana käynnistämättä rytmihäiriötä. Ablaatiokatetria voidaan ohjata joko magneettinavigaatiolaitteistolla (Stereotaxis®) tai käsin.