När patienten får en pacemaker på grund av någon annan anledning än förmaksflimmer, kan man med valet av pacemakertyp också påverka förekomsten av förmaksflimmer.
Vid svårt förmaksflimmer kan man, när andra behandlingsmetoder har prövats, besluta att implantera en permanent pacemaker och därefter bryta den elektriska impulsen från förmaken till kamrarna med kateterablation. Detta eliminerar de besvärliga symtomen som den oregelbundna pulsen orsakar och pulsen regleras i stället av pacemakern.