Efter lungtransplantationen börjar återhämtningen på intensivvårdsavdelningen. På intensivvårdsavdelningen finns det alltid en sjukskötare i patientrummet och en läkare finns på avdelningen dygnet runt. De vitala funktionerna övervakas med hjälp av elektroder och katetrar. Patienten kan i regel väckas ur narkosen 1 - 2 dygn efter operationen. Respiratorn kopplas bort när patientens egen andning är tillräckligt effektiv.
På intensivvårdsavdelningen inleds rehabiliteringen omedelbart när tillståndet tillåter. Eftersom det inte finns nervförbindelser mellan den övriga kroppen och de transplanterade lungorna leder sekret i luftvägarna inte till hostretning. Eftersom hostreflex saknas och flimmerhårsrörelsen på luftrörens slemhinnor försämras tillfälligt efter operationen är sekretet mycket segt och svårt att hosta upp efter operationen. Det är viktigt att lära sig en ny andnings- och hostteknik för att få bort slemmet ur luftvägarna. Fysioterapeuterna samarbetar intensivt med sjukskötarna på intensivvårdsavdelningen.
När tillståndet tillåter får patienten assisterad av en sjukskötare sätta sig upp på sängkanten eller på en stol intill sängen.
Smärtbehandlingen är en viktig del av återhämtningen. Före operationen har eventuellt en epiduralkateter för smärtlindring satts in. Dessutom ges smärtlindrande läkemedel intravenöst och via munnen. Det är viktigt att informera om smärta så att tillräcklig smärtbehandling kan ges. Målet är att patienten ska kunna röra sig och hosta så smärtfritt som möjligt.
Ur operationsområdet löper vanligen fyra dränage så att överflödig utsöndring, bland annat vävnadsvätska, kan ledas ut. De olika katetrarna och dränagen kan i regel avlägsnas några dagar efter operationen. Behandlingen på intensivvårdsavdelningen varar i genomsnitt 2 - 5 dygn men beroende på tillståndet ibland upp till veckor. Behandlingen på intensivvårdsavdelningen kan vara psykiskt och fysiskt påfrestande.