En graviditet kan avbrytas medicinskt, oavsett hur länge graviditeten varat. I Finland utförs numera 96 procent av aborterna med läkemedel. Skrapning med suginstrument kan göras om graviditeten pågått i högst 12+0 veckor, den säkraste tiden är i graviditetsvecka 7–8. En skrapning som görs före graviditetsvecka 7 medför risk för att graviditeten fortsätter. Om det inte finns medicinska grunder för att välja en viss abortmetod, väljer kvinnan som ansöker om abort metod själv efter att ha fått information om dem.
Fördelen med medicinsk abort jämfört med skrapning med suginstrument är att man slipper ingrepp i livmodern och narkos. Nästan alla kvinnor upplever någon form av smärta under en medicinsk abort. Illamående upplevs av 15–50 procent av kvinnorna. Symtomen behandlas med smärtstillande läkemedel och läkemedel mot illamående. Ytterligare en nackdel är en något rikligare och långvarigare blödning.
Vid medicinsk abort tas det första läkemedlet mifepriston via munnen på sjukhusets poliklinik. Läkemedlet ökar livmoderns känslighet för sammandragningar och mjukar upp livmoderhalsen. Hos vissa kvinnor börjar blödningen redan med detta läkemedel. Biverkningar av läkemedlet kan vara illamående, kräkningar, diarré, smärta i nedre delen av buken eller huvudvärk. Man behöver inte ta paus i eventuell amning. Ingen sjukledighet behövs på inledningsdagen.
Det egentliga läkemedlet misoprostol som ger upphov till sammandragningar som tömmer livmodern tas 1–3 dygn efter det första läkemedlet. Om graviditeten vid tidpunkten för abort har varat i mindre än 9 veckor och den som gör abort är över 18 år, frisk och har en annan vuxen som sällskap, kan läkemedlet tas hemma. I annat fall ges behandlingen med läkemedel som drar samman livmodern på sjukhusets poliklinik eller vårdavdelning, beroende på graviditetens längd och kvinnans situation. Om graviditeten varat längre, måste ofta en ny dos misoprostol ges och medicineringen fortsätter tills graviditeten avbryts. Oftast avbryts graviditeten samma dag, men i synnerhet vid avbrytande av en graviditet som pågått i över 12 veckor är det bra att förbereda sig på att stanna på sjukhuset över natten.
Under dagen kan en stödperson vara med på sjukhuset. Kvinnan får åka hem när graviditeten har avbrutits, efterblödningen är normal och kvinnan mår bra. Man behöver inte ta paus i eventuell amning. Sjukledigheten pågår vanligtvis i cirka tre dagar från den dag då misoprostol-läkemedlet tas.