När behovet av läkemedelsbehandling bedöms fastställs dels risken för stroke (CHA₂DS₂VaSc-skala) och dels blödningsrisken. För personer med hög eller medelhög risk för stroke inleds antikoagulationsbehandling, om den inte är kontraindicerad. Som läkemedel används i allmänhet antingen warfarin (Marevan®) eller nya så kallade direkta antikoagulantia, som är apixaban (Eliquis®), dabigatran (Pradaxa®), edoxaban (Lixiana®) och rivaroxaban (Xarelto®).
För att förebygga förmaksflimmer och lindra symtomen kan flera olika antiarytmika användas. Den första behandlingen är i allmänhet betablockerare, som kan sättas in redan inom primärvården. Beslut om att sätta in effektivare, egentliga antiarytmika fattas av en specialläkare inom internmedicin eller kardiolog som är insatt i behandlingen av rytmrubbningar.