Läkemedelsbehandling
I lindrigare sjukdomsfall krävs vanligtvis ingen behandling alls. När sjukdomen framskrider kan man använda koksaltsalva som minskar svullnaden i hornhinnan och som appliceras på ögonytan. Smärtan som vätskeblåsorna ger upphov till kan behandlas med skyddande ögonsalva eller terapeutiska kontaktlinser.
Operationsbehandling
Behandlingen vid långt framskridna fall är hornhinnetransplantation. Transplantationen kan göras antingen penetrerande, då hornhinnans hela tjocklek ersätts, eller med en partiell transplantation av den bakre ytan, då endast den dåligt fungerande bakre delen av hornhinnan ersätts.
Egenvård
En patient som lider av Fuchs syndrom kan inte själv påverka framskridandet av sin sjukdom.
Svullnaden i hornhinnan kan man minska genom att undvika rikligt fuktande av ögonen. Särskilt lönar det sig att undvika fuktpreparat i form av gel och salva, eftersom dessa tjocka fuktpreparat kan öka svullnaden i hornhinnan.