Läkemedelsbehandlingen syftar till att lindra symtomen på SLE, uppnå remission och förhindra skov samt förbättra livskvaliteten. Läkemedelsbehandlingen är individuell och beror på hur aktiv sjukdomen är och vilka organ som är påverkade. Det är också viktigt att aktivt behandla associerade sjukdomar såsom infektioner, osteoporos och hjärt- och kärlsjukdomar.