Uusintaleikkauksiin johtavia jälkiongelmia ilmaantuu noin 1-4 %:lle leikatuista.

Tavallisimpia uusintaleikkauksiin johtavia jälkiongelmia ovat verenvuodot ja suoliliitosten pettäminen.​​

Näissä tilanteissa ruokavalio voidaan pitää nestemäisenä tavallista pidempään ja kliiniset täydennysravintovalmisteet saattavat olla tarpeen. 

Leikkaukseen liittyvä kuoleman riski on samaa luokkaa kuin sappi- tai tekonivelleikkauksissa, eli hyvin vähäinen.

Kirurgiset myöhäisongelmat, kuten vatsahaava, suolen kiertymä tai sisäinen tyrä ovat harvinaisia, mutta mahdollisia. Leikkauksen jälkeiset haavaongelmat ovat yleensä harvinaisia ja lieviä.

Ravitsemukseen liittyviä ongelmia lihavuusleikkauksen jälkeen voivat olla etenkin alkuvaiheessa kuivuminen, ummetus, ripuli, oksentelu, pahoinvointi ja dumping-oireet (esim. hikoilu, vapina, sydämen tykytys, voimakas pahoinvointi tai löysät ulosteet). 

Ongelmat voivat johtua esimerkiksi liian vähäisestä juomisesta tai riittämättömästä tai liian yksipuolisesta syömisestä, mihin osalla potilaista nälän ja/tai janon tunteen häviäminen leikkauksen jälkeen voi altistaa.

Myös liian nopea syöminen, liian iso kerta-annos tai kuivan, sitkeän tai karkean ruoan nauttiminen voivat aiheuttaa hankaluuksia syömisessä.

Dumping-oireet liittyvät etenkin sokeripitoisen ruuan nopeaan etenemiseen ja imeytymiseen ohutsuoleen.

Ongelmat ovat kuitenkin useimmiten vain ajoittaisia ja vähenevät ajan myötä, eikä niitä tule kaikille potilaille. 

Oireita voi lievittää ja ennaltaehkäistä syömällä rauhallisesti ja huolella pureskellen pieniä tiheitä aterioita (2-3 h välein), huolehtimalla riittävästä nesteen saannista ja välttämällä sokeripitoisten ruokien ja juomien nauttimista. Kuidun ja proteiinin lisääminen ravintoon voi myös auttaa.

Nopeaan laihtumiseen liittyy lisäksi aina huomattava lihamassan menetyksen riski, jolle altistavat liikkumattomuus ja proteiiniköyhä ruokavalio. Ruokavalion laatuun ja riittävään liikkumiseen on siis tärkeää panostaa.

Myöhemmässä vaiheessa etenkin mahalaukun ohitusleikkauksen jälkeen voi kehittyä vitamiinien ja hivenaineiden puutosta. Tavallisimpia ovat D- tai B12-vitamiinin puute sekä naisilla raudan puute. Vitamiinien puutosten ennaltaehkäisemiseksi kaikille määrätään leikkauksen jälkeen pysyvät vitamiini- ja kivennäisainelisät. Nämä lisät ovat elinikäisiä, eikä niitä saa jättää pois.