Mindre vanliga icke-epiteliala tumörer i äggstocken är germinal- och stromacellstumörer, som har sitt ursprung antingen i fosterstadiets könsceller eller i äggstockens inre vävnad. En del av dessa tumörer är godartade och en del är elakartade. Av tumörerna i äggstockarna har cirka 20 procent sitt ursprung i germinalceller, men detta omfattar endast 1–3 procent av cancrar i äggstockarna. Likaså utgör stromacellstumörer endast 2 procent av äggstockscancerfallen.