Behandlingen av äggstockscancer består av operation som nästan alltid kompletteras med cytostatikabehandling. Ibland kan äggstockscancer inte opereras utan behandlas helt och hållet med cancerläkemedel. Den kirurgiska behandlingen av äggstockscancer är centraliserad till fem universitetssjukhus. Rekommendationerna för både kirurgisk och adjuvant behandling görs vid multidisciplinära möten (MDT-möten, dvs. multidisciplinary tumor team) på universitetssjukhuset.
Alla nya äggstockscancertumörer testas för BRCA1/2-genmutationer när diagnosen ställs. Om en BRCA1/2-mutation hittas i en cancertumör används patientens blodprov för att avgöra om mutationen är ärftlig. I Finland hittas BRCA1/2-genmutationen i cirka 15 procent av äggstockscancertumörerna, och i cirka 50 procent av dessa fall visar sig mutationen vara ärftlig. Mutationstestningen påverkar inte bara planeringen av patientens cancerbehandling, utan även familje- och släktrådgivningen.