Endometrios kan inte botas eller avlägsnas helt, men symtomen kan lindras avsevärt. Hormonbehandling och tillräcklig smärtmedicinering är de primära alternativen, och smärtbehandling är mycket viktigt för att förhindra att smärtan blir kronisk.
Hormonell behandling är inte ett alternativ om patienten vill bli gravid, eftersom alla hormonella behandlingar förhindrar graviditet. Kirurgisk behandling görs vid svåra former av sjukdomen, eller om man inte uppnår önskat resultat genom läkemedelsbehandling.
Även icke-medicinska behandlingar underlättar många endometriospatienters liv. Akupunktur, zonterapi, fysioterapi, undvikande av rött kött och socker hjälper vissa patienter.