Endometrios indelas i tre huvudgrupper enligt var den förekommer:

• ytlig endometrios i bukhålan
• endometrios i äggstockarna (endometriom)
• djup endometrios

Ytliga endometrioshärdar är punktaktiga, några millimeter stora härdar på bukhålans ytor. Deras färg varierar från färska genomskinliga, ytliga härdar till blåaktigt bruna, äldre härdar. När härdarna ärras blir de vita.

Inne i äggstockarna kan det bildas vätskefyllda blåsor, det vill säga cystor. Det finns många typer av äggstockscystor, men endometrioscystor – endometriom – innehåller gammalt blod.

De vanligaste platserna där djup endometrios förekommer är lilla bäckenets botten, bakre livmoderfästena (sakrouterinligamenten), slidans bakvägg samt ändtarmens (rektum) vägg. Djup endometrios som sträcker sig till slidans och/eller ändtarmens vägg och åt sidorna till livmoderfästena kallas rektovaginal endometrios. Djup endometrios förekommer också i urinvägarna, vanligen i urinblåsans vägg. Om endometriosen växer på lilla bäckenets sidor kan den orsaka stockning i urinledarna. Djup endometrios förekommer hos uppskattningsvis 10 procent av endometriospatienterna.