Det dröjer i genomsnitt 7–9 år innan endometriospatienter får rätt diagnos. När sjukdomen identifieras och behandlas förbättras patientens livskvalitet avsevärt. Vid ytlig form av endometrios utförs normalt gynekologisk undersökning och ultraljud, men det är vanligen symtomen som leder till diagnosen. Hormonbehandling kan påbörjas utgående enbart från symtomen också utan laparoskopi, det vill säga en titthålsoperation av bukhålan. Den slutliga diagnosen av endometrios kan dock fastställas bara genom laparoskopi. Mängden symtom står inte alltid i relation till sjukdomens svårighetsgrad.

Ofta upptäcks vid gynekologisk undersökning av endometriospatienter exceptionell ömhet vid beröring bakom och på sidorna av livmodern. Med ultraljud går det bra att urskilja endometriom i äggstockarna, och djupa härdar på urinblåsan samt rektovaginala djupa härdar. Om smärtor förekommer vid urinering och tarmtömning kan skopi av urinblåsan (cystoskopi) eller tjocktarmen (sigmoideoskopi) utföras. Också magnetundersökning av bäckenet görs för att lokalisera djupa härdar före operation.