Behandlingen genomförs oftast hemma. Om trombosen sträcker sig högt upp till ljumsken, kan den första behandlingen också omfatta trombolys, det vill säga upplösning av blodproppen. Vid blodpropp i lungan används oftast trombolys och behandlingen genomförs alltid på sjukhus. Vid ventrombos används dagligen stödstrumpor eller stödförband, som kläs på på morgonen i sängen innan man stiger upp och tas av till natten.
Förebyggande heparinbehandling används för gravida som har en tydligt förhöjd trombosrisk – som till exemepl har haft ventrombos eller lungemboli tidigare eller som har en känd ärftlig trombosbenägenhet. Trombosrisken, behovet av medicinering och medicineringens längd bedöms av en specialläkare. Heparinbehandlingen inleds antingen i början av graviditeten, i slutet av graviditeten eller först efter förlossningen, beroende på risknivån.
Medicineringen avbryts när förlossningen sätter igång och fortsätts igen efter förlossningen i sex veckor. Efter ett kejsarsnitt påbörjas heparinbehandling om det förutom operationen finns andra riskfaktorer för ventrombos, t.ex. inflammation, immobilitet, övervikt eller kraftiga blödningar. Om en djup ventrombos har utvecklats under graviditeten, görs undersökningar för trombosbenägenhet vanligen efter barnsängstiden.