Ovulaatiohäiriöitä voivat aiheuttaa krooniset sairaudet, kuten kilpirauhasen vajaatoiminta ja syömishäiriöt, liiallinen hoikkuus ja liikunta, ylipaino, munasarjojen monirakkulatauti (PCOS) ja maidonerityshormonin liikatuotanto (hyperprolaktinemia) tai epätasapainossa oleva perustauti, kuten sokeritauti tai reuma. Lisäksi erilaiset stressitekijät, varhain ikääntyvä munasarja, geneettiset tekijät tai munasarjaa vahingoittavat tekijät, kuten syöpähoidot ja munasarjaleikkaukset voivat osoittautua kuukautishäiriön aiheuttajaksi.
Naisen kuukautiskierron toimivuutta ja sen poikkeavuuksia selvitetään tarvittaessa verikokein ja emättimen kautta tehtävällä ultraäänitutkimuksella. Kuukautishäiriön hoitona käytetään syyn mukaisia hoitoja, raskaustoiveissa tarvittaessa lapsettomuushoitoja. Mikäli raskaustoiveita ei ole, kuukautiskierto voidaan yleensä säännöllistää elämäntapaohjein, ehkäisypillereillä tai hormonikorvaushoidoilla.