Immundämpande läkemedel ökar känsligheten för inflammationer eftersom de också försvagar kroppens normala försvarsreaktioner. Infektionsrisken är som störst direkt efter njurtransplantationen när läkemedelsdoserna är höga. Immundämpande läkemedel har även många andra biverkningar, men de framträder individuellt. Man bör alltid diskutera problemen med vårdpersonalen. Om biverkningarna är mycket störande och besvärliga kan man överväga att minska läkemedelsdoserna eller byta till ett annat preparat som passar bättre. Förändringar i medicineringen är dock alltid förenade med risken för avstötning och nedsatt funktion i njurtransplantatet. Därför får man aldrig sluta med de immundämpande läkemedlen på egen hand eller ändra doseringen utan tillåtelse av den behandlande läkaren.

Kortison ges i tablettform och vid behov med intravenöst dropp, till exempel i samband med akut avstötning. De vanligaste biverkningarna av kortison är bland annat högt blodtryck, högt blodsocker, ökad aptit, hudförtunning, muskelförtvining och benskörhet. Höga kortisondoser kan också leda till sömnlöshet, humörsvängningar och vid långvarig användning till förändrat utseende (ansiktet blir rundare). Många av biverkningarna kan behandlas och avtar när läkemedelsdoserna minskar.

Ciklosporin tas som kapslar eller i flytande form två gånger per dag. Läkemedelsdoserna bestäms utifrån läkemedelskoncentrationen i blodet, som fastställs med blodprov. Biverkningarna av ciklosporin är bland annat nedsatt njurfunktion, högt blodtryck, höga blodfettvärden, ökad hårväxt, tandköttsöverskott och neurologiska symtom (darrningar, domningar, nervsmärtor). Några timmar efter läkemedelsintaget kan det uppstå en hettande känsla i ansiktet, händerna och benen.

Takrolimus finns i olika beredningsformer, varav den vanligaste är orala kapslar. Läkemedlet tas två gånger per dygn eller som långtidsverkande preparat en gång per dygn. Dosen bestäms utifrån läkemedelskoncentrationen i blodet, som fastställs med blodprov. Biverkningarna av takrolimus är till exempel nedsatt njurfunktion, höga blodsockervärden, högt blodtryck, neurologiska symtom (darrningar, domningar, nervsmärtor), diarré, förhöjda levervärden, håravfall och förhöjt kaliumvärde i blodet.

Mykofenolat tas två gånger per dag. Eventuella biverkningar av läkemedlet är bland annat symtom i mag-tarmsystemet, t.ex. kräkningar, diarré, förstoppning och buksmärta samt förändringar i blodbilden och förhöjda levervärden.

Azatioprin är numera inte ett primärt immundämpande läkemedel efter en njurtransplantation, men vid behov kan det användas i stället för mykofenolat. Läkemedlet tas två gånger per dag. Eventuella biverkningar är bland annat illamående, förändringar i blodbilden och förhöjda levervärden.

Sirolimus används endast i särskilda fall. Läkemedlet tas en gång per dag och dosen fastställs utifrån läkemedelskoncentrationen i blodet. Biverkningarna av Sirolimus är bland annat höga blodfettvärden, förändringar i blodbilden, högt blodtryck och svullnad.

Basiliximab är en antikropp som används i särskilda fall som tilläggsbehandling i samband med organtransplantation. Läkemedlet ges som intravenöst dropp. Basiliximab är i regel en vältolererad substans.

Thymoglobulin, dvs. ATG (Anti-thymocyte Globulin) [ap1], används i särskilda fall till exempel i samband med njurtransplantation på svårt immuniserade patienter och för behandling av svår avstötning. Det används också som tilläggsbehandling i samband bukspottkörteltransplantation. Eventuella biverkningar är bland annat feber, huvudvärk, illamående, förändringar i blodbilden och allergisk reaktion.​