Hyljinnänestolääkkeet herkistävät tulehduksille, koska ne heikentävät myös elimistön normaaleja puolustusreaktioita. Tulehdusten riski on suurimmillaan heti munuaissiirron jälkeen, kun lääkeannokset ovat suuria. Hyljinnänestolääkkeillä on myös monia muita haittavaikutuksia, mutta niiden ilmaantuminen on yksilöllistä. Ongelmista kannattaa aina keskustella hoitohenkilökunnan kanssa. Mikäli haittavaikutukset ovat hyvin häiritseviä ja vaikeita, voidaan harkita lääkeannoksien pienentämistä tai toiseen paremmin sopivaan valmisteeseen siirtymistä. Lääkemuutoksiin liittyy kuitenkin aina riski hyljinnästä ja munuaissiirteen toiminnan heikentymisestä, joten hyljintälääkitystä ei saa koskaan lopettaa omin päin tai lääkkeiden annostusta muuttaa ilman hoitavan lääkärin lupaa.

Kortisonilääkitystä käytetään tabletteina ja tarvittaessa laskimonsisäisenä infuusiona, kuten esimerkiksi akuutin hyljinnän yhteydessä. Kortisonin tavallisimpia haittavaikutuksia ovat muun muassa verenpaineen nousu, verensokerin nousu, ruokahalun lisääntyminen, ihon haurastuminen, lihasvoimien vähentyminen ja luuston heikentyminen. Suuret kortisoniannokset voivat aiheuttaa myös unettomuutta, mielialan muutoksia sekä pitkäaikaisessa käytössä myös ulkonäön muutoksia (kasvojen pyöristyminen). Monet kortisonin haittavaikutuksista ovat korjautuvia ja vähentyvät lääkeannosten pienentyessä.

Siklosporiinilääkitys otetaan kapseleina tai liuoksena kahdesti päivässä. Lääkkeen annokset määritellään verinäytteistä mitattavien pitoisuuksien perusteella.
Siklosporiinihoidon haittavaikutuksia ovat muun muassa munuaistoiminnan heikentyminen, verenpaineen nousu, rasva-arvojen nousu, karvoituksen lisääntyminen, ikenien liikakasvu sekä hermoston oireet (vapina, puutuminen, hermosäryt). Joitakin tunteja lääkkeenoton jälkeen voi esiintyä myös kuumotuksen tunnetta kasvoilla, käsissä ja jaloissa.

Takrolimuusia on eri lääkemuodoissa, joista tavallisimmin käytetään suun kautta otettavia kapseleita. Lääkitys otetaan joko kahdesti vuorokaudessa tai pitkävaikutteinen valmiste kerran vuorokaudessa, ja annos määritellään verinäytteistä mitattavien pitoisuuksien perusteella. Takrolimuusin haittavaikutuksia ovat muun muassa munuaistoiminnan heikentyminen, verensokeriarvojen nousu, verenpaineen nousu, hermoston oireet (vapina, puutuminen, hermosärky), ripuli, maksa-arvojen nousu, hiusten lähtö ja veren kaliumarvon nousu.

Mykofenolaattia otetaan kahdesti päivässä. Lääkityksen mahdollisia haittavaikutuksia ovat muun muassa maha-suolikanavan oireet, kuten oksentelu, ripuli, ummetus ja vatsakivut, sekä verenkuvamuutokset ja maksa-arvojen nousu.

Atsatiopriini ei nykyisin ole ensisijainen hyljinnänestolääke munuaissiirron jälkeen, mutta sitä voidaan tarvittaessa käyttää mykofenolaatin sijasta. Lääkitys otetaan kahdesti päivässä. Mahdollisia haittavaikutuksia ovat muun muassa pahoinvointi, verenkuvamuutokset sekä maksa-arvojen nousu.

Sirolimuusia käytetään vain erityistapauksissa. Lääkitys otetaan kerran päivässä, ja annos määritetään veren lääkepitoisuuden perusteella. Sirolimuusin aiheuttamia haittavaikutuksia ovat muun muassa rasva-arvojen nousu, verenkuvamuutokset, verenpaineen nousu sekä turvotukset.

Basiliksimabi on vasta-aine, jota käytetään erityistilanteissa lisälääkityksenä elinsiirtoleikkauksen yhteydessä. Lääke annetaan laskimonsisäisenä infuusiona. Basiliksimabi on yleensä hyvin siedetty.

Thymoglobuliinia eliATG:ta (Anti-thymocyte Globulin) [ap1] käytetään erityistapauksissa, esimerkiksi vaikeasti immunisoituneiden potilaiden munuaissiirron yhteydessä sekä vaikean hyljinnän hoidossa. Sitä käytetään lisälääkityksenä myös haimansiirron yhteydessä. Mahdollisia haittavaikutuksia ovat muun muassa kuume, päänsärky, pahoinvointi, verenkuvamuutokset sekä allerginen reaktio.