Munuaiskivistä 60 prosenttia ja virtsanjohtimen kivistä 80 prosenttia poistuu itsestään ilman toimenpiteitä.
Yleensä virtsatiekivi syntyy munuaisaltaassa. Osa kivistä laskeutuu virtsajohdinta pitkin virtsarakkoon ja poistuu virtsan mukana. Joskus virtsatiekivi jää munuaisaltaaseen, virtsajohtimeen tai virtsarakkoon. Tulehduksen aiheuttamat kivet syntyvät yleensä virtsarakossa.
Sairaus voi olla uusiutuva. Vain kolmasosa sairastuneista säästyy uudelta virtsatiekivikohtaukselta.
Suurin osa kivistä on kalkkikiviä (kalsiumyhdiste). Joskus harvoin kivien syynä on aineenvaihduntatauti (uraatti- tai kystiinikivet).
Useimmiten kivien syy jää tuntemattomaksi tai kivet ovat seurausta rakenteellisesta tai toiminnallisesta tukoksesta virtsateissä. Rakenteellinen poikkeama, kuten eturauhasen liikakasvu, voi aiheuttaa magnesiumia sisältävän kiven muodostumisen virtsatietulehduksen yhteydessä.