Aikaisemmin virtsarakon kipuoireyhtymästä käytettiin nimitystä interstitiaalinen kystiitti. Kun epäillään virtsarakon kipuoireyhtymää, ensiksi suljettava pois muut samanlaisia oireita aiheuttavat sairaudet, kuten virtsatietulehdus ja virtsarakkosyöpä.
Virtsarakon kivun aiheuttajasta on vain arvailuja. Laukaisevina tekijöinä on esitetty muun muassa infektioita, autoimmuunisairauksia, virtsarakon limakalvon solujen toimintahäiriötä ja hermostollisia tekijöitä.
Virtsarakon kipuoireyhtymä on naisilla kymmenen kertaa yleisempi kuin miehillä.