Virtsarakon kivun aiheuttajasta on vain arvailuja. Laukaisevina tekijöinä on esitetty muun muassa infektiota, autoimmuunisairautta, virtsarakon limakalvon solujen toimintahäiriötä ja hermostollisia tekijöitä.​

​Sairaus on naisilla kymmenen kertaa yleisempi kuin miehillä.