Smärta i prostatan kan lindras med smärtmedicin som fås på apotek utan recept. En effektiv behandling vid sidan av smärtmedicinering är alfahämmare som slappnar av muskulaturen i prostatan (alfuzosin, tamsulosin). Medicineringen kan tas enligt symtomens varaktighet. Om symtomen besvärar ständigt, kan medicineringen vara permanent. Man kan även använda andra muskelavslappnande läkemedel.
Om medicinering med alfahämmare inte ger effekt och smärtan stör den dagliga aktiviteten, kan man använda läkemedel som är avsedda för kronisk smärta. Ett av de mest effektiva läkemedlen är amitryptilin, som för vissa människor dock orsakar kraftiga biverkningar, bland annat trötthet. Läkemedlet tas på kvällen. I början är dosen liten och den höjs så småningom.
Ett alternativ är pregabalinmedicinering, som har liknande biverkningar som amitryptilin.
I bara cirka fem procent av fallen konstateras smärtan bero på en bakterieinfektion, varför antibiotikabehandling endast används som experimentell behandling. Om antibiotikabehandlingen inte hjälper inom tio dygn, måste man avsluta kuren. Trimetoprim och fluorokinololer är effektiva antibiotika för behandlingen av prostatainflammation, prostatit.