Avosydänleikkauksen ja sydämen katetroinnin yhteydessä suositellaan, että rokotukset annetaan viimeistään viisi vuorokautta ennen toimenpidettä. Ainoastaan vauvoille suun kautta annettavaa rotavirusrokotetta ei pidä antaa kahteen viikkoon ennen toimenpidettä.
Rokotusohjelmaa jatketaan vasta yhden kuukauden kuluttua avosydänleikkauksesta. Katetroinnin jälkeen ei varoaikaa tarvita.
Sydänlapsille ja heidän perheilleen suositellaan annettavaksi influenssarokotus kullekin kaudelle.
Vaikeissa sydänvioissa pikkuvauvoille annetaan ns. RSV-profylaksi pistoksina oirekauden ajan.
Vesirokkorokotus on suositeltava kaikille yli vuoden ikäisille lapsille, joille suunnitellaan tulevaisuudessa sydänleikkausta tai sydänkatetrointia, jotta toimenpide ei lykkäänny sen vuoksi, että lapsi on altistunut vesirokkotartunnalle esimerkiksi päiväkodissa.