Neonataalinen alloimmuunitrombosytopenia eli NAIT aiheuttaa vastasyntyneelle vakavien vuotojen riskin. NAIT syntyy, kun äidissä kehittyy raskauden aikana vasta-aineita sikiön isältään perimiä trombosyyttispesifisiä antigeenejä (human platelet antigen, HPA) kohtaan. Vasta-aineet läpäisevät istukan ja aiheuttavat sikiölle trombosytopenian, joka jatkuu, kunnes vasta-aineet ovat poistuneet elimistöstä. Useimmiten NAIT on taudinkuvaltaan lievä. Toisaalta se on yleisin täysiaikaisen vastasyntyneen aivoverenvuodon aiheuttaja. 80 prosenttia aivoverenvuodoista tapahtuu jo kohdussa.
NAIT voi ilmetä jo ensimmäisessä raskaudessa. Uusimisriski seuraavissa raskauksissa on suuri ja taudinkuva yleensä vaikeampi. NAIT:n esiintyvyys vaihtelee kirjallisuudessa välillä 1/350–1/5 000 elävänä syntynyttä. Yleensä trombosyyttitaso normalisoituu noin 10 päivän ikään mennessä. Vastasyntynyttä hoidetaan trombosyyttisiirrolla. Yleensä kunnollisen siirtovasteen saamiseksi tarvitaan niin sanottuja HPA-tyypitettyjä trombosyyttejä.
Äidin immunologisessa trombosytopeniassa eli ITP:ssä trombosyyttivasta-aineita päätyy istukan kautta vauvaan ja vasta-aineet aiheuttavat trombosytopenian myös vastasyntyneelle. Myös äidin sairastama systeeminen lupus erythematosus eli SLE voi aiheuttaa vastasyntyneen trombosytopeniaa. Trombosytopenia kehittyy, koska äidin vasta-aineita siirtyy sikiöön istukan läpi. Tässäkin tilanteessa immunoglobuliini-infuusioon saadaan vastetta, mutta usein hitaammin kuin ITP:tä hoidettaessa. Ehkäisevä trombosyyttisiirto immunoglobuliinisuojassa on tarpeellinen, jos vauvan trombosyyttitaso on alle 30 x 109/l.
Ennenaikaisilla vauvoilla heti syntymän jälkeen havaittu trombosytopenia johtuu useimmiten syntymää edeltävistä syistä ja korjaantuu yleensä itsestään. Pienipainoisena syntyneillä ilmenee trombosytopeniaa, joka osoittautuu lähes kaikilla ohimeneväksi ja jää syyltään epäselväksi. Trombosytopenia voi olla myös vakavan infektion aiheuttama. Jos vastasyntyneen trombosytopeniaan ei löydy syytä ja se pitkittyy yli kuukauden kestäväksi, täytyy pyrkiä poissulkemaan perinnölliset trombosytopeniaoireyhtymät.