Harvinaisepilepsiat alkavat usein lapsuusiässä. Harvinaisepilepsioita ovat muun muassa infantiilispasmioireyhtymä eli vauvojen vaikea epilepsia sekä vähän isommilla lapsilla esiintyvät Lennox-Gastautin oireyhtymä, Landau-Kleffnerin oireyhtymä sekä epilepsia, johon liittyy jatkuva unen aikainen purkaustoiminta.
Harvinaisepilepsioiden taustalla voi olla harvinainen geenivirhe, kuten Dravetin oireyhtymässä ja Unverricht-Lundborgin taudissa, tai harvinainen aivokuoren kehityshäiriö, kuten Sturge-Weberin oireyhtymässä. Harvinaisia geenivirheitä, joihin liittyy epilepsia, tunnetaan jo satoja.
Harvinaisepilepsiat ovat usein vaikeahoitoisia, eli kohtauksia esiintyy lääkityksestä huolimatta. Lisäksi näihin epilepsioihin liittyy usein muita ongelmia, kuten oppimisen vaikeuksia. Joissain harvinaisepilepsioissa tietyt lääkkeet tehoavat erityisen hyvin ja joitain lääkkeitä täytyy välttää. Muun muassa tämän takia oikea diagnoosi on tärkeä.
Harvinaisepilepsiaa sairastava lapsi, nuori ja hänen perheensä voivat hyötyä vertaistuesta. Omalta kotipaikkakunnalta voi olla vaikea löytää samaa epilepsiaa sairastavia, mutta vertaisia voi hakea esimerkiksi Epilepsialiiton kautta.