Matsmältningssystemets primära funktion är att bryta ner maten till en form som kroppens celler kan använda som energi. Dessutom är tarmen en aktiv aktör i immunsystemet. Det finns många olika typer av bakterier i tarmen, och förändringar i dessa bakterier påverkar barnets välbefinnande.
Maten tuggas i munnen, varifrån den passerar genom matstrupen till magsäcken. I magsäcken bearbetas maten till en mer lättsmält form. Cellerna i magsäcken utsöndrar saltsyra som hjälper matsmältningen, men den är också viktig för barnets immunförsvar, eftersom barn exponeras för bakterier i stor utsträckning genom munnen. Magsyran dödar också bakterier. Från magsäcken går maten vidare till tunntarmen.
Tunntarmen är ett stort organ (2,5 meter lång hos en nyfödd och cirka 4 meter hos en tonåring) från vilket näringsämnen tas upp för resten av kroppen. Tunntarmens yta är täckt med tarmludd som gör dess yta större. I tunntarmen finns en mängd olika bakterier, dvs. mikrober, vars kvantitet och kvalitet påverkar immunförsvaret.
Från tjocktarmen absorberar kroppen vatten och salter, och onödigt material avlägsnas i form av avföring. Tjocktarmen har en mycket större variation av bakterier än tunntarmen, och en obalans mellan dessa bakterier kan orsaka en rad olika magbesvär, t.ex. gasbesvär, som kallas funktionella symtom. Levern och bukspottkörteln deltar i matsmältningen genom att utsöndra bland annat galla och olika matsmältningsenzymer. Sjukdomar i levern och bukspottkörteln är sällsynta hos barn.