En benmärgsundersökning görs vanligtvis när barnets blodstatus visar avvikelser i två eller flera cellinjer. När det gäller hemoglobin, leukocyter och trombocyter är en avvikelse ett värde som ligger under åldersanpassade referensvärden. För leukocyter uppmärksammas också avvikande höga värden. En benmärgsundersökning kan också vara motiverad om en avvikelse i en cellinje inte korrigeras under några månaders uppföljning, eller om man utöver denna avvikelse redan i början upptäcker en ökning i storleken på de röda blodkropparna.
Patienten kommer till avdelningen på provtagningsmorgonenn utan att äta eller dricka. Patienten får en lätt narkos för provtagningen. Benmärgsprovet tas från nedre delen av ryggen från höftbenskammen (cristapunktion). Huden och benhinnan bedövas, varefter benmärgsnålen förs fram till benytan och nålens spets förs in i benmärgshålan. Flytande benmärg sugs upp med en spruta i små mängder åt gången.