Den vanligaste orsaken till hydronefros, dvs. utvidgning av njurbäckenet, hos nyfödda är en förträngning i beröringspunkten mellan urinledaren och njurbäckenet. En sådan förträngning kallas en PU-obstruktion. Urinledaren och urinblåsan är i allmänhet normala och förträngningen ger vanligen efter under de första levnadsåren, vilket i en ultraljudsundersökning ses som en minskning i njurbäckenets utvidgning.
Förträngning förekommer mer sällan i slutändan av urinledaren. Urinledarens ände kan vara ovanligt styv, den kan ha en slemhinneutbuktning (cele) eller så kan den utmynna felaktigt någon annanstans än i urinblåsan (ektopi). Ibland är dessa avvikelser förknippade med ett tillstånd där det utgår två urinledare från njuren i stället för en (duplex). Då är den övre urinledarens ände ofta förträngd och den nedre urinledarens ände tillåter återflöde av urinen.
Urinåterflödet från urinblåsan till njuren kan orsaka tryck i njuren även om förträngning inte förekommer i urinvägarna. Återflödet är den näst vanligaste orsaken till hydronefros hos nyfödda.
Urinledarens vägg kan också vara slapp och skjuter inte urinen framåt (idiopatisk megaureter). Då samlas urin särskilt i urinledarområdet. En sådan slapphet i väggen förbättras i allmänhet under de första levnadsåren.