Sisäkorvaistute aktivoidaan 2–4 viikon kuluttua leikkauksesta, kun haava on parantunut. Potilaalle opetetaan istutteen käyttö ja istute säädetään jokaiselle potilaalle yksilöllisesti. Istutteen säädöistä vastaavat audiologilääkärit tai sairaalainsinöörit.
Kuntoutuksen alkuvaiheessa säätökertoja on useita. Hyvän kuntoutustuloksen saavuttaminen vaatii usean kuukauden harjoittelun. Lapsipotilailla istutteen säätöjä tarkistetaan ja muutetaan tiheämmin lapsen kasvaessa ja kuulon kehittyessä.
Potilaan kuntoutussuunnitelma tehdään yhdessä kuntoutusohjaajan kanssa. Suunnitelman sisältö määräytyy yksilön tarpeiden ja mahdollisuuksien mukaan. Kuntoutusohjaaja ohjaa potilasta ja hänen läheisiään palvelujen ja etuuksien hakemisessa.
Onnistunut kuntoutustulos edellyttää potilaalta sitoutumista ja motivaatiota uudenlaisen kuulemisen opetteluun. Kuntoutus on monen ammattiryhmän yhteistyötä: siihen osallistuvat audiologi, audionomi, kuntoutusohjaaja ja sosiaalityöntekijä. Lisäksi kuntoutukseen kuuluu usein puheterapeutin ja psykologin tekemät tutkimukset ja kuntoutus.
Kuntoutuksen alussa sisäkorvaistutteen tuottamat ääniaistimukset ovat vaihtelevia. Istutteen ääni voi kuulostaa metalliselta, konemaiselta, kimittävältä tai kaikuvalta. Istutteella kuuntelua tulee harjoitella päivittäin. Istuteen aktivoinnin jälkeen potilaita ohjataan harjoittelemaan kuuntelua pelkästään istutteella. Käytön edetessä äänten sävy tasoittuu lähelle normaalia muutamassa viikossa. Useimpien potilaiden kuulotulokset vakiintuvat ensimmäisen vuoden aikana. Kuntoutuksen edetessä kuuntelemista voi harjoitella esimerkiksi äänikirjojen avulla.
Onnistunut sisäkorvaistutehoito parantaa merkittävästi puheen ymmärtämistä ja myös potilaan oman äänen säätely onnistuu paremmin. Yhdessä nämä muutokset helpottavat esimerkiksi puhelimen käyttöä. Parantuneet kommunikaatiomahdollisuudet auttavat potilaita toimimaan itsenäisesti arkielämän tilanteissa, mikä puolestaan parantaa merkittävästi elämänlaatua.
Suurin osa sisäkorvaistutteen käyttäjistä kykenee keskustelemaan vaivatta helpoissa kuunteluolosuhteissa ja ennakoitavissa tilanteissa. Istute ei kuitenkaan tee kuulosta normaalia, joten hälyisessä ympäristössä kuuleminen voi olla yhä haasteellista.