Bakterier som inte kan behandlas med antibiotika som normalt används vid behandling kallas multiresistenta. Dessa bakteriers förmåga att framkalla sjukdom skiljer sig vanligtvis inte från patogeniciteten hos en antibiotikakänslig bakteriestam av samma art. Med andra ord ökar inte risken för att få en infektion som orsakas av en multiresistent mikrob om man bär på en sådan i näsan eller tarmen, jämfört med om man bär på en liknande antibiotikakänslig bakterie, vilket är relativt vanligt. Problemet med resistens är om en sådan mikrob orsakar en symtomatisk infektion. Då kan behandlingen bli mer problematisk, eftersom det finns färre effektiva antibiotika. Behovet av att begränsa deras spridning på sjukhus och andra inrättningar inom hälso- och sjukvården samt socialvården grundar sig på detta faktum. Det finns dock ännu alternativa antibiotikabehandlingar, men dessa måste alltid testas separat för att undersöka bakteriens känslighet.
Multiresistenta bakterier är bland annat den meticillinresistenta Staphylococcus aureus (MRSA), vankomycinresistenta enterokocker (VRE), enterobakteriearter som producerar bredspektrum-betalaktamas (ESBL), till exempel ESBL-E. coli eller ESBL-Klebsiella pneumoniae, eller karbapenemasproducerande (CPE) enterobakteriearter som CPE-E. coli eller CPE-Klebsiella pneumoniae.
Eftersom bärarskap av multiresistenta bakterier vanligtvis är symtomfritt är det många som inte ens vet om det. För de multiresistenta bakterier som nämns ovan finns det screeningtest som kan användas för att konstatera bärarskap. De används om informationen skulle påverka vården av patienten eller bekämpningen av infektioner. En sådan situation kan till exempel uppstå om en patient flyttas från ett utländskt sjukhus direkt till ett finländskt sjukhus för fortsatt behandling, eller om en patient ska genomgå en operation och en familjemedlem har diagnostiserats som bärare av en multiresistent bakterie. Bärarskap av en resistent bakterie kan vara mycket långvarigt, men kan också försvinna spontant.