Infektiotautien lääkehoidot ovat yleensä kuuriluontoisia, mutta joskus ne voivat olla myös pitkäkestoisia tai jopa pysyviä. Joissakin tilanteissa lääkäri voi etukäteen antaa ohjeeksi potilaalle lopettaa avohoidossa hoidettavaan infektioon määrätty kuuri kesken, jos potilas kokee paranevansa odotettua nopeammin. Silloin, kun erikoissairaanhoidossa hoidetaan vakavaa ja hitaasti paranevaa infektiota (kuten luutulehduksia tai tekonivelinfektioita), mikrobilääkehoitoa ei tule lopettaa kotihoidossa oma-aloitteisesti. Mikäli reseptillä määrätyt lääkkeet loppuvat ennen seurantavastaanottoa, on tärkeää tietää, onko resepti tarkoitus uusia ja lääkitystä jatkaa.
Joissakin kotona hoidettavissa infektioissa, kuten lievissä ihoinfektioissa tai hengitysteiden bakteeri-infektioiden epäilyissä lääkäri voi antaa luvan lopettaa antibioottikuurin oma-aloitteisesti jo suunniteltua aikaisemmin, jos paraneminen on nopeaa.
Infektiosairauksien yksiköissä hoidettavilla potilailla infektiot vaativat usein aloituksen suonensisäisellä antibioottihoidolla joko sen vuoksi, että kaikkiin tavoiteltaviin bakteereihin saataisiin laadultaan kattava vaikutus tai että hoidettavaan kohteeseen saataisiin riittävä lääkepitoisuus. Suonensisäinen hoito voi kestää muutamista päivistä jopa kuuteen viikkoon. Luutulehduksissa ja vierasesineinfektioissa hoitoa jatketaan tyypillisesti sen jälkeenkin useita viikkoja. Infektion paranemista seurataan oireiden, tulehdusarvojen (CRP, La, Leuk) perusteella ja tarvittaessa kuvantamistutkimuksin. On tärkeää, että käyt ennen seurantakäyntiä sinulle määrätyissä tutkimuksissa.
Mikrobilääkehoidossa kannattaa noudattaa mahdollisimman tarkoin suositeltua annosteluohjetta. Lääkkeiden ottaminen säännöllisesti samaan kellonaikaan on tärkeää esim HIV:n viruslääkehoidossa. Yksittäisen bakteeriantibiootin unohtaminen ei haittaa lievässä infektiossa, mutta epäsäännöllinen käyttö ei paranna, ja saattaa tehostaa resistenttien bakteerikantojen kehitystä.
Joissakin tartuntataudeissa mikrobilääkehoito on julkisen terveydenhuollon määräämänä potilaalle maksuton. Näitä tauteja ovat muun muassa tuberkuloosi ja muut mykobakterioosit, HIV, klamydia, tippuri ja syfilis (kuppa), salmonella- ja shigella-infektiot.