Bakteereja, joihin tavallisesti hoidossa käytetyt antibiootit eivät tehoa, kutsutaan moniresistenteiksi. Näiden bakteereiden taudinaiheuttamiskyky ei yleensä poikkea saman lajin antibiooteille herkän bakteerikannan kyvystä aiheuttaa infektio. Toisin sanoen se, että ihminen kantaa moniresistenttiä mikrobia nenässään tai suolistossaan, ei lisää riskiä saada sen aiheuttama infektio verrattuna siihen, että kantaa vastaavaa antibiooteille herkkää bakteeria, mikä on verrattain tavallista. Resistenssiin liittyvä ongelma on siinä, jos tällainen mikrobi aiheuttaa oireisen infektion, sen hoito voi olla ongelmallisempaa, koska tehoavia antibiootteja on vähemmän. Tähän perustuu tarve rajoittaa niiden leviämistä sairaaloissa ja muissa terveydenhuollon ja sosiaalihuollon laitoksissa. Antibioottihoitovaihtoehtoja yleensä kuitenkin vielä löytyy, mutta ne pitää aina erikseen tutkia bakteerin herkkyysmäärityksestä.

Moniresistentteihin bakteereihin luetaan muun muassa metisilliinille resistentti Staphylococcus aureus (MRSA), vankomysiinille resistentti enterokokki (VRE), erittäin laajakirjoista beetalaktamaasia tuottavat (ESBL) enterobakteerilajit, kuten ESBL-E. coli tai ESBL-Klebsiella pneumoniae, tai karbapenemaasia tuottavat (CPE) enterobakteeri-lajit, kuten CPE-E. coli tai CPE-Klebsiella pneumoniae.

Koska moniresistentin bakteerin kantajuus on yleensä oireetonta, moni ei edes tiedä siitä. Edellä mainituille moniresistenteille bakteereille on olemassa seulontatestejä, joilla kantajuutta voidaan etsiä. Niitä käytetään, jos tieto vaikuttaisi potilaan hoitoon tai tartunnan torjuntaan. Tällainen tilanne voi tulla kyseeseen esimerkiksi, jos potilas siirtyy ulkomailta sairaalasta suoraan suomalaiseen sairaalaan jatkohoitoon tai jos potilas on menossa leikkaukseen ja hänen perheenjäsenellään on todettu moniresistentin bakteerin kantajuus. Vastustuskykyisen bakteerin kantajuus voi olla hyvin pitkäkestoista, mutta se voi myös spontaanisti kadota.