​Sairaalassa moniresistentin bakteerin kantajuudella on enemmän merkitystä kuin kotona, sillä siellä potilaiden riski oireisen infektion kehittymiselle on suurempi kuin terveillä. Sairaalassa on heikkokuntoisia potilaita ja potilaita, joiden infektiopuolustuskyky on alentunut ja joille asetetaan katetreja tai tehdään ihoa tai limakalvoja läpäiseviä leikkauksia, joissa bakteerit voivat päästä ihon ja limakalvojen sisään. Näin syntyvä infektio olisi erityisen hankala hoitaa, jos se olisi moniresistentin mikrobin aiheuttama. Lääke on valittava herkkyysmäärityksen perusteella, mutta tehoavia antibiootteja kuitenkin pääsääntöisesti löytyy. Vaikka infektioriski sairaalahoidossa on lisääntynyt, se on pieni. Suurin osa kantajista ei saa hoidon aikana mitään oireita tai infektiota kantajuudestaan. Infektioiden syntymistä pyritään ennaltaehkäisemään sairaaloissa aseptisilla hoitokäytännöillä. Moniresistentin bakteerin kantajuus ei vaikuta annetun hoidon laatuun.

Mikrobien ei haluta yleistyvän tai tarttuvan sairaalassa tai muussakaan terveyden- tai sosiaalihuollon yksikössä potilaasta toiseen henkilökunnan tai ympäristön välityksellä. Tartunnan torjuntaa on tehostettu. Moniresistentin bakteerin kantajat sijoitetaan sairaalassa yhden hengen huoneeseen, ja heidän hoidossaan käytetään suojaimia. Henkilökunta noudattaa hyvää käsihygieniaa. Resistenssi leviää sairaaloissa herkästi, koska siellä käytetään paljon bakteerilääkkeitä, jotka tekevät tilaa resistenteille bakteereille herkkien kustannuksella.

Yhteistä potilastietojärjestelmää käyttävä sosiaali- ja terveydenhuollon henkilökunta saa sen kautta automaattisesti tiedon henkilöllä aikaisemmin todetusta sairaalahygieenisesti merkittävästä moniresistentin bakteerin kantajuudesta. Tämän tiedon välittyminen on tärkeää henkilön oman turvallisuuden vuoksi niin, että lääkäri voi huomioida vastustuskykyiset bakteerit antibioottihoitoa suunnitellessaan ja että tartunnan torjuntaa voidaan sairaalassa ja toimenpiteissä ja hoitolaitoksissa asianmukaisesti tehostaa. Jos asioi potilaana hoitopaikassa, jossa mahdollisesti on eri tietojärjestelmä, kuten eri kunnassa tai sairaanhoitopiirissä, tiedossa olevasta kantajuudesta pitää mainita hoitavalle lääkärille.