Pintakudoksissamme (nenässä, hengitysteissä, suolistossa, iholla, limakalvoilla) on bakteeriyhdyskuntia, joita kutsutaan normaaliflooraksi tai mikrobiomiksi. Ne ovat elimistölle vaarattomia, usein jopa hyödyllisiä. Esimerkiksi suolessa on noin 1,5 kg bakteerimassaa, joka sisältää 500–1 000 eri bakteerilajia. Myös suussa ja hengitysteissä on useita eri bakteerikantoja. Esimerkiksi oireettomasta väestöstä noin 20 prosenttia kantaa Stafylococcus aureus -bakteeria nenässään. Iän myötä myös virtsan oireeton bakteerikantajuus yleistyy, ja sitä esiintyy jopa 20–50 prosentilla vanhuksista.

Tämän normaaliflooran laatuun ja määrään vaikuttavat muun muassa ruokatottumukset, elintavat ja -olosuhteet ja perinnölliset tekijät. Normaalifloora voi häiriintyä esimerkiksi antibioottihoitojen, matkailun, sairauksien tai sairaalahoidon seurauksena. Tuotantoeläimillä käytetyt antibiootit voivat lisätä moniresistenttien bakteerien esiintymistä elintarvikkeissa. Läheisessä kontaktissa joko sairaalassa tai kotona bakteerikannat voivat myös siirtyä henkilöstä toiseen. Leviämistä voidaan estää hyvillä hygieniakäytännöillä. Terveellä henkilöllä esimerkiksi ulkomaan matkan tai antibioottikuurin aiheuttamat normaaliflooran häiriöt ovat yleensä väliaikaisia. ​