Mikrobilääkkeiden eli bakteeriantibioottien, virus- sieni ja tuberkuloosilääkkeiden oikea käyttö on tärkeä osa yhteisessä taistelussamme resistenssiä vastaan. Mitä enemmän näitä lääkkeitä käytetään ihmispotilaiden tai eläinten hoidossa tai mitä enemmän niitä pääsee samalla ympäristöön, sitä enemmän vastustuskykyiset bakteerit hyötyvät ja pääsevät yleistymään herkkien bakteereiden kustannuksella.
Antibioottien järkevään käyttöön ja käytön seurantaan panostetaan sairaaloissa. Avohoidossa turhia kuureja tulisi välttää ainakin virustaudin hoidossa: bakteeriantibiootit eivät auta nuhaan eivätkä suurimpaan osaan kurkkukivuista tai keuhkoputkentulehduksistakaan. Ulkomaan matkalla alkavaan turistiripuliin ei pidä aloittaa antibioottikuuria ilman lääkärin arviota, sillä suurin osa niistäkin paranee itsestään, ja antibioottien käyttö voi olla paitsi tehotonta, myös johtaa suoliston normaalin suojaavan mikrobiston järkkymiseen useiksi viikoiksi ja resistenssin kehittymiseen.
Bakteerilääkkeet voivat pelastaa hengen vakavissa infektioissa, joten tositilanteissa määrättyä kuuria ei kannata jättää aloittamatta. Antibioottihoidon pakollisesta kestosta on kysyttävä lääkäriltä. Joskus kuurin voi lopettaa, jos infektio paranee nopeasti, mutta aina ei.