Större delen av de sällsynta hudsjukdomarna är ärftliga, dvs. man kan påvisa en tydlig förändring i vissa gener, som orsakar symtomen. Sådana sjukdomar är t.ex. Harlekiniktyos, ärftliga blåssjukdomar (epidermolysis bullosa), ektodermal dysplasi och neurofibromatos 1.
En del sällsynta hudsjukdomar betraktas dock inte som ärftliga, t.ex. autoimmuna blåssjukdomar, bindvävssjukdomar, mastocytos, histiocytos, många porfyrisjukdomar och hudlymfom.