Antibiootteja tarvitaan atooppisen ihottuman hoidossa vain harvoin. Yleensä atooppisen ihottuman tulehdus rauhoittuu riittävällä lääkevoiteiden käytöllä. Antibioottikuuria tarvitaan vain, mikäli ihottumassa on voimakas bakteeritulehdus. Kuurin tarpeen arvioi aina lääkäri. Mikäli lääkäri päätyy aloittamaan antibioottikuurin, tulee sen aikana käyttää tavanomaista paikallishoitoa, yleensä lääkevoiteita.

Mikäli atooppisen ihottuman pahenemisvaiheeseen liittyy voimakas ihon märkiminen, rupeutuminen, kuume ja yleinen sairauden tunne, saattaa antibioottikuuri olla tarpeen. Tuolloin on syytä hakeutua lääkäriin.

Joihinkin kortisonivoiteisiin on yhdistetty antibioottia, mutta näille voiteille on harvoin tarvetta atooppisessa ihottumassa, koska yleensä jo pelkkä voiteen sisältämä kortisoni riittää rauhoittamaan ihottuman.

Antihistamiineja käytetään yleisesti allergiaoireiden hoidossa eli esimerkiksi, jos siitepölyt tai eläinten hilse aiheuttavat nenä- tai silmäoireita. Sen sijaan atooppisessa ihottumassa antihistamiineista on usein vain vaatimaton apu. Antihistamiineja voi halutessaan kokeilla, mutta mikäli niistä ei ole apua, ne kannattaa lopettaa.

Joskus atooppisen ihottuman kutinaan saatetaan käyttää iltaisin otettavaa väsyttävää antihistamiinia hydroksitsiinia, jonka teho perustuu sen keskushermostovaikutukseen. Atooppisen ihottuman voimakas kutina on yleensä merkki aktiivisesta ihottumasta ja rauhoittuu parhaiten tehokkaalla paikallishoidolla.

Sisäisten kortikosteroidien pitkäaikaiseen käyttöön liittyy merkittäviä haittavaikutuksia, eikä niiden käyttöä atooppisen ihottuman hoidossa suositella. Niillä on nopea teho ihottuman hoidossa, mutta teho on väliaikainen ja kuurin loputtua ihottuma palaa usein ennalleen. Mikäli atooppinen ihottuma on hyvin vaikeahoitoinen, voidaan lääkärin harkinnan mukaan joskus käyttää myös sisäistä kortisonikuuria. Tuolloin on kuitenkin tärkeää toteuttaa myös paikallishoito huolellisesti, jotta ihottuma ei pahenisi heti kuurin loputtua.

Mikäli atooppista ihottumaa ei saada hallintaan oikein toteutetulla lääkevoiteiden käytöllä ja valohoidoilla, voidaan harkita suun kautta otettavaa immunosuppressiivista lääkitystä. Nämä lääkkeet lamaavat elimistön puolustusjärjestelmän toimintaa, jolloin myös atooppisen ihottuman tulehdus rauhoittuu. Samalla ne kuitenkin altistavat esimerkiksi infektioille. Koska näillä lääkkeillä voi olla myös muita vakavia haittavaikutuksia, niitä käytetään vain vaikean ja muille hoidoille reagoimattoman atooppisen ihottuman hoidossa.

Yleisemmin Suomessa käytetään siklosporiinia, atsatiopriinia ja metotreksaattia. Nämä lääkkeet eivät sovi kaikille ja vaativat huolellisen alkukartoituksen sekä säännöllisen verikoeseurannan. Lääkkeitä ei yleensä ole tarkoitettu pitkäaikaiseen käyttöön.

Vakiintumattomien ja vaihtoehtoisten hoitomuotojen, kuten kiinalaisten yrttivalmisteiden, homeopatian, vitamiinien, seleenin tai sinkin, osalta luotettava tutkimusnäyttö on joko puutteellista tai niillä ei ole osoitettu olevan tehoa. Välttämättömillä rasvahapoilla ei ole todettu olevan tehoa atooppisen ihottuman hoidossa.

Atooppisen ihottuman kutinan tärkein ja tehokkain hoito on ihottuman mahdollisimman tehokas paikallishoito. Ihottuman ollessa rauhallinen ihon kutina saattaa rauhoittua perusvoiteella. Ihottuman ollessa vaikeampi tarvitaan lääkevoiteita. Tavoitteena on rauhoittaa ihottuma täysin käyttämällä lääkevoiteita riittävän aktiivisesti ja riittävän pitkään, tarvittaessa ylläpitohoitona. Ihottuman rauhoittuessa myös kutina yleensä helpottaa.

Akuutissa ihottumavaiheessa myös kosteat kääreet rauhoittavat usein kutinaa ja polttelua. Samoin öljykylvyistä voi olla apua. Raajojen ihottumassa putkisukat tai puuvillahanskat ja -sukat estävät raapimista esimerkiksi yöaikaan, ja niiden alla voi kokeilla myös sinkkivoidesukkaa.