Prognostic impact of epithelial-mesenchymal -transition transcription factor SLUG, ZEB1, TWIST in T-cell lymphomas, their genetic abnormalities and drug sensitivity
Marjaana Häyrinen ja Outi Kuittinen (Kuopion Yliopistollinen Sairaala, Syöpätaudit)
Tutkimuksen tavoitteena on toistaa suuremmalla näytemäärällä aikaisempia tuloksia EMT-transkriptiotekijöiden vaikutuksesta perifeerisissä T-solu lymfoomissa ja löytää huonoon ennusteeseen vaikuttavat kliiniset ja histologiset
Prognostic factors of renal cell cancer and outcome of treatments
Tuomas Mirtti ja Harry Nisén (HUSLAB, Patologia)
Syövän levinneisyys ja erilaistumisaste ovat edelleen tärkeimmät käytössä olevat munuaissyövän ennustetekijät. Useita biokemiallisia ja molekyyligeneettisiä merkkiaineita on tutkittu mutta yksinään ei ole saavuttanut pysyvää asemaa kliinisessä työssä. Tässä tutkimuksessa selvitetään useiden proteiini ja RNA-tason mahdollisten merkkiaineiden käyttöä munuaissyövän uusiutumisen ja kuoleman ennustamisessa.
Elinsiirto ja syöpä
Riikka Räty (HUS)
Tutkimuksen tavoitteena on tarkastella elinsiirron jälkeistä PTLD-n (lymfoproliferatiivinen häiriö) esiintyvyyttä ja sen riskitekijöitä, sekä löytää kliinisiä ja biologisia (molekylaarisia) tekijöitä paremman yksilökohtaisen hoidon saavuttamiseksi.
Porokarsinooma – kliinispatologinen tutkimus
Virve Koljonen (HUS)
Porokarsinooma on harvinainen ja pahanlaatuinen syöpä hikirauhasessa. Porokarsinooma voi syntyä itsestään mutta kehittyy usein hyvänlaatuisesta poroomasta. Tutkimuksen tavoitteena on varmentaa Merkelin solu syöpä kasvaimissa tehtyjä havaintoja polyomaviruksen vaikutuksesta porokarsinooma ja porooma syöpien syntyyn vertailemalla näiden kahden syövän tuloksia.
Immunoscoren prognostinen merkitys radikaalisti leikatuilla kolangiokarsinoomapotilailla
Ville Sallinen & al (HUS)
Kyseessä on lääketieteellinen biopankkinäytteitä hyödyntävä tutkimus, jonka tavoitteena on selvittää miten Immunoscore vaikuttaa radikaalisti leikattujen kolangiokarsinoomapotilaiden ennusteeseen.
HUS Syöpäkeskuksessa hoidettujen edennyttä melanoomaa sairastavien potilaiden antiPD1-vasta-ainehoidon teho ja turvallisuus sekä hoidon ennustetekijöiden tunnistaminen
Siru Mäkelä (HUS)
Tutkimuksen tavoitteena on arvioida PD-1 vasta-ainehoidon vaikuttavuutta ja turvallisuutta levinnyttä melanoomaa sairastavilla potilailla, sekä tunnistaa hoidon vaikuttavuutta ja haittoja ennustavia kudostason ominaisuuksia.
T1 laryngeal cancer – prognosis and prognostic markers
Leena-Maija Aaltonen (HUS)
Tutkimuksen tavoitteena on selvittää tekijöitä, jotka altistavat T1-äänihuulisyövän uusiutumiselle, jotta seuranta voidaan paremmin kohdentaa sitä tarvitseville. Se toteutetaan kansallisena monikeskustutkimuksena kaikissa yliopistosairaaloissa hyödyntäen mm. syöpärekisterin dataa. Tutkimusaineistoon kerätään biopankeista patologian kudosnäytteet T1 kurkunpääsyövän takia hoidetuista potilaista vuosilta 2003-2015.
Characterization of novel sarcoma specific biomarkers and their role as prognostic and diagnostic markers and potential therapy targets
Tom Böhling (Helsingin Yliopisto)
Tutkimuksen tavoitteena on tuottaa uusia diagnostisia työkaluja ja tunnistaa uusia mahdollisia täsmälääkekohteita ja lääkkeitä liposarkoomapotilaiden hoitamiseksi.
Syöpäsydän
Päivi Lähteenmäki, Andreina Kero ja Liisa Järvelä (Varsinais-Suomen sairaanhoitopiiri ja Turun yliopistollinen keskussairaala)
Tutkimuksessa käytetään näytteitä 0–34 -vuotiaana syöpään sairastaneilta potilailta, joille on ilmaantunut sydän- ja verenkiertoelimistön myöhäisoire. Tavoitteena on kehittää seurantamenetelmiä jotka perustuvat annettuun hoitoon ja henkilökohtaisiin riskitekijöihin näiden myöhäisoireiden mahdollisimman aikaiseksi havaitsemiseksi.
Pediatristen kasvainten tutkiminen
Arndt Schmitz (Bayer AG, Saksa)
Myös lapset kärsivät kasvaimista. "Tyypillisiä" lapsuuden pahanlaatuisia kasvaimia ovat erilaiset poikkeamat normaalista hematologisesta kehityksestä, glioblastoomat jne. Euroopan unionin pediatriset määräykset parantavat lasten terveyttä edesauttamalla lasten lääkkeiden kehitystä ja saatavuutta. Kehitämme uutta pediatrista hoitosuunnitelmaa tukemaan uusien lääkkeiden käyttöä lapsilla, muun muassa käyttämällä molekyylitietoja ja aikaisemmin käytettyjä hoitotietoja apunamme. Analysoimalla Helsingin Biobankin historiallisia kasvainnäytteitä pediatristen potilaiden rutiinihoidosta voimme saada erittäin hyödyllistä tietoa tälle toiminnalle.
Primary hyperparathyroidism – characterization and pathogenesis of different tumor subtypes
Camilla Schalin-Jäntti ja Johanna Arola (HUS)
Tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa primaarin hyperparatyreoosin tautimekanismeja, parantaa aggressiivisen taudin tunnistamista ja löytää merkkiaineita potentiaalisesti uusivaan tautiin sekä tunnistaa kuvantamiseen ja hoitoon soveltuvia kohdeproteiineja ja onkogeenisia signalointireittejä.
Role and function of Prox1 transcription factor in rhabdomyosarcoma
Riikka Kivelä (Helsingin yliopisto)
Tutkimuksen tavoitteena on identifioida ja selvittää transkriptiotekijä PROX-1:n rooli ja merkitys rabdomyosarkoomissa sekä tutkia sen välittämää downstream-signalointia.
Quality Registry and Biobank for Thoracic Malignancies
Marjukka Myllärniemi, Ilkka Ilonen ja Jari Räsänen (Helsingin yliopisto, HUS)
Tutkimuksen tavoitteena on etsiä mesoteliooman ja muiden rintakehän syöpäsairauksien merkkiaineita verestä ja verrata niitä taudinkulkuun ja kliinisiin tietoihin sekä verrokkipotilaisiin joilla ei ole pahanlaatuista sairautta.
Tissue biomarkers in ovarian cancer biology and outcome prediction
Olli Carpen (Helsingin yliopisto)
Tutkimuksessa selvitetään munasarjasyöpäpotilaiden syövän etenemiseen ja lääkeresistenssiin liittyvien piirteiden kliinisiä yhteyksiä ja varmistetaan aikaisemmissa tutkimuksissa löydettyjä havaintoja. Tutkimuksessa hyödynnetään patologian munasarjasyöpäpotilaiden kudosnäytteitä.
Inter- and intra-tumoral heterogeneity of adenocarcinoma of the esophagus through cellular analysis of protein, microRNA and genomic profile
Jari Räsänen ja Sandro Mattioli (HUS ja Bolognan yliopisto, Italia)
Tutkimuksen tarkoituksena on analysoida HYKS:ssä distaali esofaguksen adenokarsinooman vuoksi leikattujen potilaiden kudosnäytteitä vuosilta 2000–8/2013 ja tehdä näistä näytteistä proteiini-, microRNA- ja genomimääritykset. Tutkimuksen tavoitteena on määrittää tautikokonaisuuden eri alatyyppien erityispiirteet, jotta potilaille voitaisiin jatkossa räätälöidä mahdollisimman tehokas hoito.
Haiman neuroendokriinisten kasvainten merkkiainetutkimus
Henna Sammalkorpi, Hanna Seppänen ja Caj Haglund (HUS)
Tutkimuksen tavoitteena on löytää uusia ennusteellisia tekijöitä haiman neuroendokriinisten kasvainten diagnostiikkaa ja hoidon suunnittelua varten.
Kemoterapian vaikutus kasvainten antigeeneihin
Arndt Schmitz (Bayer AG, Saksa)
Kasvainisolut voivat olla jo pinnaltaan erilaiset kuin normaalit terveet solut. Tietyt proteiinit ovat läsnä vain kasvainsoluissa tai paljon suuremmassa määrin kuin ympäröivissä terveissä soluissa. Vasta-aineita voidaan suunnitella tunnistamaan nämä proteiinit ja kuljettamaan mukanaan myrkyllisen hyötykuorman, joka sitten ensisijaisesti tappaa kasvainsolut. Tutkimuksen tavoitteena on analysoida pysyykö yhden tällaisen proteiinin, nimeltään mesoteliini, määrä vakiona tuumorin kehittymisen aikana tai vaikuttaako siihen nykyiset hoidot, kuten kemoterapia. Tämä uusi tieto auttaa edistämään innovatiivisia hoitovaihtoehtoja.
Biomarkkerit keuhkon karsinoidituumoreissa
Johanna Arola ja Tiina Vesterinen (Helsingin yliopisto)
Biopankkitutkimuksen tavoitteena on löytää keuhkokarsinoiditaudin ennustetta ja hoitovastetta kuvaavia merkkiaineita hyödyntämällä tutkimuksessa biopankkiin tallennettuja kudosnäytteitä. Uusilla merkkiaineilla pyritään parantamaan taudin diagnostiikkaa sekä antamaan päätöksentukea potilaiden seurannan ja hoitojen räätälöintiin.
A mobile mini-microscope (MoMic) – evaluation for diagnostics
Johan Lundin (Suomen molekyylilääketieteen instituutti FIMM)
Tutkimuksen tavoitteena on tutkia mobiilimikroskoopin soveltuvuutta syöpä- ja infektiosairauksien diagnostiikkaan.
Comparison of tissue protein levels in tongue cancer and healthy tongue
Suvi Renkonen (Helsingin yliopisto)
Tutkimuksessa kerätään kielisyöpänäytekohortti sen selvittämiseksi, mitkä proteiinit erottavat tilastollisten testien mukaan luotettavimmin kielisyöpäkudoksen terveestä kudoksesta.
Comprehensive Primary Lung Tumour Analysis to Evaluate Precision Medicine Opportunities
Emmy Verschuren (Suomen molekyylilääketieteen instituutti FIMM)
Tutkimuksen tarkoituksena on tutkia keuhkosyövän kudotyyppispesifistä immuuniympäristöä. Tutkimusta varten immunovärjätään levyepiteeli-, adenoskvamoosi- ja papillaarista adenokarsinoomaa, jotta selvitetään kasvaimen kehitykseen positiivisesti vaikuttavien neutrofiilien ja negatiivisesti vaikuttavien T-solujen läsnäolo.
Extracellular vesicles as biomarker in prostate cancer
Taija af Hällström ja Elina Serkkola (Orion Pharma)
Tutkimuksen tarkoituksena on eristää eturauhassyöpäpotilaiden virtsanäytteistä solun ulkoisia vesikkeleitä (EV) ja analysoida niiden sisältämiä RNA-biomarkkereita. Tutkimuksen toteuttaa Orion Pharma ja FIMM osana Salwe GID-projektia.
Kasvain-DNA:n nestebiopsia munasarjasyövän suunnittelussa. Oncosys
Mikko Loukovaara et al. (HUS; Gynekologisten syöpien poliklinikka)
Kiinteiden syöpäkasvainten lääkeresistenssi on yksi syövän hoidon haasteista. Tässä projektissa eristämme munasarjasyöpäpotilailta kerätyistä verinäytteistä kasvainperäistä DNA:ta, ja vertaamme sitä potilaiden kasvainnäytteisiin mm. exomi-sekvenssoinnin avulla. Pyrimme selvittämään, miten käytettävät syöpälääkkeet muuttavat kasvaimen genomia ja miten kasvaimen vastustuskyky lääkkeille kehittyy.
Sex Disparity in Papillary Thyroid Cancer (PTC)
Päivi Peltomäki (Helsingin Yliopisto), Albert de la Chapelle ja Taina Nieminen (The Ohio State University)
Kilpirauhassyöpä on 8 yleisin syöpä naisilla maailmanlaajuisesti. Yleisin kilpirauhassyövän tyyppi on papillaarinen kilpirauhassyöpä (papillary thyroid cancer, PTC), joka on yleisempi naisilla kuin miehillä, sairastavuussuhteen ollessa 3:1. Tutkimme genomin laajuisella assosiaatiotutkimuksella (GWAS) n. 8000 näytettä mm. Suomesta, USA:sta ja Islannista. Vertaamalla PTC:tä sairastavien miesten Y-kromosomin sekvenssimarkkereita (SNP:jä) vastaavien naisten X-kromosomin SNP:eihin voimme tutkia assosioituuko jokin genomin SNP enemman naisiin (altistaen sairaudelle) kuin miehiin. Laajoista tutkimuksista huolimatta, ei ole tiedossa, miksi kilpirauhassyöpää esiintyy enemmän naisilla kuin miehillä. Löydettäessä PTC:n sairastaneilta naisilta genomista SNP/SNP:t, johon GWAS-tulokset assosioituvat merkittävästi enemmän kuin vastaavilla miehillä, voidaan ehkä kehittää niitä vastaan hoitomuoto, jotta taudilta voitaisiin kokonaan välttyä.