Fysioterapeutti arvioi yhdessä kuntoutujan kanssa toimintakykyä arjessa. Kuntoutumisen lähtökohtana ovat kuntoutujan omat voimavarat ja elämänpiiri. Kuntoutujan toimintakyvyn ja siinä tapahtuvien muutosten säännönmukainen arviointi toimii päätöksenteon tukena. Fysioterapeutin arvioinnissa käytetään haastattelua, havainnointia sekä liikunta- ja toimintakyvyn mittareita. Esimerkkeinä kävelytestejä, lihasvoima- ja tasapainotestejä. Kuntoutujan toimintakyvyn arvioinnin perusteella laaditaan kuntoutussuunnitelma yhdessä kuntoutujan sekä tarvittaessa omaisen kanssa. Fysioterapiaan kuuluu myös apuvälinetarpeen arviointi.
Hitaasti etenevissä neuromuskulaarisairauksissa pyritään työkyvyn ylläpitämiseen, sosiaalisen toimintakyvyn edistämiseen sekä itsenäisen selviytyminen ja liikuntakyvyn säilymiseen. Äkillisesti alkaneissa neuromuskulaarisairauksissa tavoitteena on että, kuntoutuja oppii uudelleen hallitsemaan menetettyjä taitoja sekä tarvittaessa korvaavia ja soveltavia toimintatapoja.
Neuromuskulaaritautia sairastavan pienen lapsen liikunnallinen kehitys voi poiketa terveen lapsen kehityksestä. Fysioterapeutti arvioi lapsen motorista kehitystä sekä liikkumis- ja toimintakykyä yhdessä vanhempien ja lähipiirin kanssa. Lapsi saattaa tarvita apuvälineitä jo pienenä esimerkiksi istuma-asennon hallintaan, jotta voi harjoitella leluihin tarttumista itsenäisesti. Lasten ja nuorten on tärkeää päästä osallistumaan ikätasoisesti arkeen; leikkeihin, kouluun ja harrastuksiin.
Joihinkin lihassairauksiin kuuluu hengityslihasten heikkenemistä, jolloin hengitystoiminnot huomioidaan fysioterapiassa osana ohjausta ja harjoittelua. Alla olevalla videolla opastetaan hengityksen tehostamisessa. Terveyskylän Keuhkotalosta löydät lisää opastusta ja tukea eri oireiden itsehoitoon. 
Moniin neuromuskulaarisairauksiin voi liittyä lihasten kiristyminen ja sitä kautta nivelten liikelaajuuden vähentyminen. Usein kireys alkaa pohjelihaksista ja vaikeuttaa nilkan koukistusliikettä. Normaali kävely edellyttää, että nilkka koukistuu noin kymmenen astetta. Päivittäin tehtävät nilkan liikkuvuusharjoitteet ja pohjelihasten venyttäminen auttavat nilkan liikkuvuuden ylläpitämistä.